地衣芽孢桿菌的作用機(jī)制是以菌治菌，活菌進(jìn)入腸道后，對(duì)葡萄球菌、酵母樣菌等致病菌有抵抗作用，而對(duì)雙歧桿菌、乳酸桿菌、擬桿菌、消化性鏈球菌有促進(jìn)生長作用；
可促使機(jī)體產(chǎn)生抗菌活性物質(zhì)、殺滅致病菌；此外通過奪氧生物效應(yīng)使腸道缺氧，有利于大量厭氧 菌生長，造成腸道低氧環(huán)境，對(duì)腸道內(nèi)的雙歧桿菌、擬桿菌、消化鏈球菌等有益健康的厭氧 菌的生長繁殖有促進(jìn)作用；
對(duì)葡萄球菌、白色念球菌、酵母樣菌等致病菌則有拮抗作用。通過這種雙重作用可以調(diào)整腸道菌群失調(diào)，維持機(jī)體腸道微生態(tài)平衡，從而對(duì)腸道疾病達(dá)到治療和預(yù)防的目的。
此外，將地衣芽孢桿菌應(yīng)用于微生物肥料，能較強(qiáng)的促使土壤中的有機(jī)質(zhì)分解成腐殖質(zhì)，極大的提高土壤肥效。
綜上，地衣芽孢桿菌可用于飼料添加劑，畜牧、家禽、特種動(dòng)物及寵物養(yǎng)殖，微生物肥料以及水產(chǎn)養(yǎng)殖環(huán)境處理。